Centrum epidemiologie a mikrobiologie
Vedoucí: MUDr. Jana Kozáková
Centrum epidemiologie a mikrobiologie (CEM) tvoří devět oddělení, Koordinační pracoviště ESPT 2, Národní referenční centrum pro infekce spojené se zdravotní péčí a Laboratoř bakteriální genetiky. V CEM pracují Národní referenční laboratoře (NRL), jejichž činnost pokrývá široké spektrum infekčních onemocnění (A - Z infekce) a mikrobiálních agens. Věnují se specializované diagnostice, metodickému vedení v oblasti mikrobiologické problematiky a výchově specialistů v lékařské mikrobiologii. Jednotlivá pracoviště a zejména Oddělení epidemiologie infekčních nemocí se podílí na monitoringu a analýzách výskytu infekčních nemocí, poskytují servis pro Ministerstvo zdravotnictví ČR a úzce spolupracují s Evropským centrem pro kontrolu nemocí (ECDC) a Světovou zdravotnickou organizací (WHO).
Laboratorní příručka pro odběr vzorků - LCEM
Aktuálně z CEM 
Popis a struktura 
Infekční nemoci tématicky 
- A - Z infekce
- Akutní respirační infekce
- Alimentární onemocnění (infekce a otravy z potravin)
- Antibiotická rezistence
- Bioterorismus - patogenní organismy a nemoci
- HIV/AIDS
- Importovaná onemocnění
- Infekční nemoci přenášené uživateli drog
- Infekční onemocnění spojená s migrací
- Legislativa k infekčním nemocem
- Nemoci přenášené hmyzem a roztoči
- Nemoci přenášené vodou
- Nové a znovu se objevující infekční nemoci (Emerging and reemerging infectious disease)
- Sexuálně přenosné nemoci
- Tuberkulóza
- Výskyt infekcí v ČR
- Zoonózy (nemoci zvířat přenosné na člověka)
- Zprávy ECDC o významných přenosných infekčních nemocech
Výzkumná činnost 
Hlášení infekčních nemocí 
Odborně z CEM 
Spolupráce s ECDC
provádějí v ČR specializovaná mikrobiologická vyšetření
Popis činnosti CEM
Činnost NRL v CEM je legislativně podložena:
- Zákonem č. 258/2000 Sb., o ochraně veřejného zdraví a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů,
- Rozhodnutí Evropského parlamentu a Rady č. 1082/2013/ES o vážných přeshraničních hrozbách a o zrušení rozhodnutí č. 2119/98/ES
- Nařízení Evropského parlamentu a Rady (ES) č. 851/2004, o zřízení Evropského střediska pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC)
- Dokumentem ECDC o činnosti NRL členských států EU „Core functions of microbiology reference laboratories for communicable diseases".
CEM úzce spolupracuje s zejména v programech surveillance infekčních onemocnění (vyhláška číslo 473/2008 Sb.), při spolupráci s Evropským centrem pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC) - hlášení dat do ECDC (TESSy) a při vydávání měsíčníku Zprávy Centra epidemiologie a mikrobiologie (ISSN 1804-8668).
NRL CEM se podílí na řešení tuzemských výzkumných projektů, spolupracují na řešení zahraničních projektů. Výsledkem řešení výzkumných projektů je rozsáhlá publikační činnost.
NRL CEM jsou od roku 2001 akreditovány Českým institutem pro akreditaci (ČIA) jako Zkušební laboratoř (č.subjektu 1206.4) podle ČSN EN ISO/IEC 17025 a od roku 2005 i jako Zdravotnická laboratoř (č.subjektu 8002) podle ČSN EN ISO 15189.
Koordinační pracoviště ESPT 2 organizuje Externí hodnocení kvality (EHK) pro mikrobiologické laboratoře České republiky (i zahraniční).
Poslední revize textu dne 10.01.2022
