ECDC - projekt HERA
Posílení národní infrastruktury s cílem zvýšení kapacity celogenomové sekvenace (whole genome sequencing – WGS) a “diskriminačních” RT PCR s ohledem na národní připravenost na pandemii Covid-19 v ČR.
Název projektu: Posílení národní infrastruktury s cílem zvýšení kapacity celogenomové sekvenace (whole genome sequencing – WGS) a “diskriminačních” RT PCR s ohledem na národní připravenost na pandemii Covid-19 v ČR.
Grant číslo: ECDC/HERA/2021/004 ECD.12218
Doba trvání projektu: 03/09/2021 do 30/9/2022
Zdroj financování: Evropské středisko pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC)
Grant: Grant/2021/PHF/23776
Název výzvy: Enhancing Whole Genome Sequencing (WGS) and/or Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) national infrastructures and capacities to respond to the Covid-19 pandemic in the European Union and European Economic Area
Příjemce: Státní zdravotní ústav
Přidružené subjekty:
- Zdravotní ústav se sídlem v Ostravě
- Zdravotní ústav se sídlem v Ústí nad Labem
- Ústav molekulární a translační medicíny LF UP
- Ústav molekulární genetiky Akademie věd České republiky
- Přírodovědecká fakulta UK BIOCEV
- Biologické centrum Akademie věd České republiky
- Centrum infekčních nemocí zvířat, Fakulta tropického zemědělství, Česká zemědělská univerzita v Praze
Projekt „Posílení národní infrastruktury s cílem zvýšení kapacity celogenomové sekvenace (whole genome sequencing – WGS) a “diskriminačních” RT PCR s ohledem na národní připravenost na pandemii Covid-19 v ČR“ byl financován grantem GRANT/2021/PHF/23776 Evropského střediska pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC).
Cíle projektu:
Cílem projektu je vytvoření udržitelné a efektivní vysokokapacitní infrastruktury pro posílení celogenomové sekvenace (WGS), investicí do specifických přístrojů, investicí do nástrojů reálných i virtuálních, a tak umožnit mapování šíření variant SARS-CoV-2 prostřednictvím automatizace procesů WGS. Nezbytnou součástí je vytvoření šablon umožňujících automatizovaný výstup pro Orgány ochrany veřejného zdraví v ČR i v rámci mezinárodních struktur (ECDC/WHO).
Cíle projektu jsou:
- Posílení kapacity laboratoří investicí do robotického systému pro přípravu sekvenačních knihoven umožňujících automatizaci přípravy vzorků pro WGS.
- Vybudování kapacity pro ukládání sekvenčních dat a centralizovaného automatizovaného systému pro analýzu získaných dat (datové úložiště na SZÚ).
- Zvýšení kapacity systému rychlé detekce variant (mutací) zavedením metod zahrnující kombinaci PCR a MassARRAY analýzy (posílení kapacit a přesnosti diskriminačních PCR).
- Retrospektivní analýza vzorků z kritické fáze epidemie, reprezentativní populační průzkum lidské populace na podzim 2021.
- Vypracování metodiky pro poloautomatizaci procesu generování pravidelných zpráv národním úřadům pro veřejné zdraví, středisku ECDC.
Ke splnění cílů projektu povede:
- k posílení pandemické připravenosti ČR obecně - nejen pro Covid-19
- k vytvoření základní infrastruktury pro molekulární epidemiologii
- ke zkvalitnění hlášení infekčních nemocí do etablovaných mezinárodních struktur
- k integraci molekulární a celogenomové surveillance v rámci národního a mezinárodního epidemického šetření ohnisek nákazy vyvolaných i dalšími infekčními agens, včetně zoonotických
- k naplnění strategického rámce ECDC „One Health“
Kontakt:
Hlavní řešitelka projektu:
RNDr. Helena Jiřincová, tel.:267082421, e-mail: helena.jirincova@szucz
Konference:
Záznam z konference v Zoom , heslo: Dq7Z=D6b
Prezentace
Shrnutí dotazníku pro sekvenační laboratoře
Publicita projektu:
Tiskové zprávy:
- Tisková zpráva: SZÚ se za ČR uchází o 90 milionů korun z evropského grantu HERA. Peníze půjdou do infrastruktury laboratoří detekujících varianty SARS-CoV-2
- Tisková zpráva: SZÚ uspěl za ČR se žádostí o 90 milionů korun z evropského grantu HERA. Peníze půjdou do infrastruktury laboratoří detekujících varianty SARS-CoV-2