Home » Centra » Centrum epidemiologie a mikrobiologie » Národní referenční pracoviště v CEM » Národní referenční laboratoř pro chřipku a... » SARS-CoV-2 » SARS-CoV-2: metodický pokyn zajištění vzorků...
Stáhnout článek jako PDF Vytisknout

SARS-CoV-2: metodický pokyn zajištění vzorků pro celogenomovou sekvenaci

Zpráva NRL


Pro funkční molekulární surveillance NRL prosí o spolupráci jednotlivé KHS či vyšetřující laboratoře ve smyslu zajištění pravidelného zasílání vzorků podezřelých na přítomnost mutací k celogenomové sekvenaci.

Celogenomová sekvenace (WGS) virových vzorků je v současnosti jedinou efektivní cestou monitoringu epidemické situace, kdy se objeví ohnisko charakterizované změnou jedné z proměnných, které používáme pro sledování epidemie. NRL opakovaně apeluje na nutnost sběru vzorků k sekvenaci z takovýchto ohnisek. Jedná se o včasné zachycení variant s potenciálem ovlivnit epidemickou situaci, zhoršit průběh onemocnění nebo uniknout vakcinaci. Signály pro zaslání vzorků na sekvenaci jsou:

  • Zvýšení R v lokálních ohniscích. Rychlé šíření je prvním signálem.
  • Nakupení výsledků s nízkými hodnotami Ct v oblasti/ohnisku (Ct < 16).
  • Zvýšení podílu inaparentních průběhů infekce s jasnou pozitivitou Ct < 26.
  • Pacienti s atypickými klinickými projevy, neobvyklé pozitivní materiály (např. plná krev, liquor)
  • Osoby mladší 50 let bez významných komorbidit v těžkém stavu.
  • Hospitalizované děti mladší 16 let.
  • Aktuálně se navrátivší osoby z různých zemí s rychlým šířením onemocnění či s vyšším podílem závažných stavů
  • Pozitivní PCR s Ct < 30 po vakcinaci.
  • V případě, že je situace v kraji stabilní, dodává každý kraj do NRL 5 materiálů za týden, a to odebraných do 5. dne od nástupu klinických příznaků a s Ct do hodnoty 26.

Je velmi důležité zasílat materiály od mladých pacientů v těžkém stavu.

V případě slabé pozitivity v materiálech z HCD je nutné vyšetřit materiál z DCD - endotracheální  aspirát, BAL, apod., kde mohou být hodnoty Ct nižší!

Každý zasílaný vzorek musí být vybaven kopií COVID-19 elektronické žádanky, kopií laboratorního výsledku s uvedenými hodnotami Ct, se shrnutím epidemické (import z ciziny, reinfekce, infekce po vakcinaci) a klinické anamnézy  (inaparentní/lehké onemocnění, závažný stav – UPV apod.)  a v případě importu i údaji o destinaci.

Na žádance musí být jasně specifikován požadavek, musí být specifikována kontaktní osoba, včetně telefonního kontaktu.

Vzorek musí být zasílán nejpozději 3 dny od dodání do laboratoře, takto:

  • Bez zamrazení v laboratoři, uchovávání i transport při  + 2 až + 8 °C
  • Pokud je vzorek v laboratoři již zamrazen, nesmí během dopravy rozmrznout.

 

Dodání vzorků do 10 Ks – standardní pathopack.

Dodání vzorků nad 10 ks – maximálně 50 zkumavek: ve stojánku a v transportním pathopacku pro zkumavky ve stojánkách, NRL zapůjčí za účelem transportu tyto obaly.

U všech vzorků, které budou dodány bez žádanky, bez doplněných hodnot Ct se prodlužuje doba provedení celogenomové sekvenace.

 

RNDr. Helena Jiřincová

NRL pro chřipku a nechřipková virová respirační onemocnění

Nahoru