Vedoucí: RNDr. Vladislav Jakubů, Ph.D.
Činnost pracoviště sdružujícího 2 národní referenční laboratoře je zaměřena zejména na diagnostiku bakteriálních agens a vyšetřování citlivosti bakterií k antibiotikům.
Aktivity oddělení jsou zaměřeny do čtyř hlavních směrů: a) vyšetřování citlivosti bakterií k antibiotikům, b) diagnostika bakteriálních agens, c) molekulární typizace vybraných izolátů, d) uchovávání a poskytování kultur v rámci činnosti sbírky kultur.
Oddělení je akreditováno ČIA. V programu zkoušení způsobilosti pro mikrobiologické laboratoře odpovídá Oddělení bakteriální rezistence a alimentárních nákaz za EHK-Bakteriologická diagnostika. Tento program je akreditován u ČIA v rámci Expertní skupiny pro zkoušení způsobilosti SZÚ Expertní skupiny pro zkoušení způsobilosti SZÚ (č. 7001).