ECDC – projekt HERA
Název projektu: Posílení národní infrastruktury s cílem zvýšení kapacity celogenomové sekvenace (whole genome sequencing – WGS) a “diskriminačních” RT PCR s ohledem na národní připravenost na pandemii Covid-19 v ČR.
Grant číslo: ECDC/HERA/2021/004 ECD.12218
Doba trvání projektu: 03/09/2021 do 30/9/2022
Zdroj financování: Evropské středisko pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC)
Grant: Grant/2021/PHF/23776
Název výzvy: Enhancing Whole Genome Sequencing (WGS) and/or Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) national infrastructures and capacities to respond to the Covid-19 pandemic in the European Union and European Economic Area
Příjemce: Státní zdravotní ústav
Přidružené subjekty:
- Zdravotní ústav se sídlem v Ostravě
- Zdravotní ústav se sídlem v Ústí nad Labem
- Ústav molekulární a translační medicíny LF UP
- Ústav molekulární genetiky Akademie věd České republiky
- Přírodovědecká fakulta UK BIOCEV
- Biologické centrum Akademie věd České republiky
- Centrum infekčních nemocí zvířat, Fakulta tropického zemědělství, Česká zemědělská univerzita v Praze
Projekt „Posílení národní infrastruktury s cílem zvýšení kapacity celogenomové sekvenace (whole genome sequencing – WGS) a “diskriminačních” RT PCR s ohledem na národní připravenost na pandemii Covid-19 v ČR“ byl financován grantem GRANT/2021/PHF/23776 Evropského střediska pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC).
Cíle projektu:
Cílem projektu je vytvoření udržitelné a efektivní vysokokapacitní infrastruktury pro posílení celogenomové sekvenace (WGS), investicí do specifických přístrojů, investicí do nástrojů reálných i virtuálních, a tak umožnit mapování šíření variant SARS-CoV-2 prostřednictvím automatizace procesů WGS. Nezbytnou součástí je vytvoření šablon umožňujících automatizovaný výstup pro Orgány ochrany veřejného zdraví v ČR i v rámci mezinárodních struktur (ECDC/WHO).
Cíle projektu jsou:
- Posílení kapacity laboratoří investicí do robotického systému pro přípravu sekvenačních knihoven umožňujících automatizaci přípravy vzorků pro WGS.
- Vybudování kapacity pro ukládání sekvenčních dat a centralizovaného automatizovaného systému pro analýzu získaných dat (datové úložiště na SZÚ).
- Zvýšení kapacity systému rychlé detekce variant (mutací) zavedením metod zahrnující kombinaci PCR a MassARRAY analýzy (posílení kapacit a přesnosti diskriminačních PCR).
- Retrospektivní analýza vzorků z kritické fáze epidemie, reprezentativní populační průzkum lidské populace na podzim 2021.
- Vypracování metodiky pro poloautomatizaci procesu generování pravidelných zpráv národním úřadům pro veřejné zdraví, středisku ECDC.
Ke splnění cílů projektu povede:
- k posílení pandemické připravenosti ČR obecně – nejen pro Covid-19
- k vytvoření základní infrastruktury pro molekulární epidemiologii
- ke zkvalitnění hlášení infekčních nemocí do etablovaných mezinárodních struktur
- k integraci molekulární a celogenomové surveillance v rámci národního a mezinárodního epidemického šetření ohnisek nákazy vyvolaných i dalšími infekčními agens, včetně zoonotických
- k naplnění strategického rámce ECDC „One Health“
Kontakt:
Hlavní řešitelka projektu:
RNDr. Helena Jiřincová, tel.:267082421, e-mail: helena.jirincova@szu.cz
Semináře a workshopy:
| Seminář/Workshop | Heslo |
|---|---|
| Jak se čte genom koronaviru | b%@B6R+X |
| Výměna zkušeností – příprava knihoven, vyhodnocení vzorků, výpadky primerů v důsledku mutací | Dq7Z=D6b |
| Fylogenetické analýzy v kostce | 1*4SSwf$ |
| Webinář NRL pro chřipku | $2#HyU5t |
| HERA Odborný bioinformatický seminář | |
| Webinář NRL pro chřipku | !7%j01@= |
| Webinář NRL pro chřipku | 4Jx@L=j. |
Zprávy z projektu HERA:
Sledování variant SARS-CoV-2 v České republice za období duben 2022
Sledování variant SARS-CoV-2 v České republice za období březen 2022
Sledování variant SARS-CoV-2 v České republice za období únor 2022
Sledování variant SARS-CoV-2 v České republice za období leden 2022
Sledování variant SARS-CoV-2 v České republice za období prosinec 2021
Prezentace z projektu HERA
ARI/ILI/RSV/ surveillance v době covidové
SARS-CoV-2, theevolutionof structural proteins – Jan Pačes
Evaluating diagnostic performance of SARS-CoV-2 AG-RDTs …
HERA – ECDC visit 09. 02. 2022
HERA – Enhancing whole genome sequencing capacities
Porovnání algoritmu pro definici významného vzorku s reálnou situací