Cílem NAP je zajištění dlouhodobě dostupné, účinné, bezpečné a nákladově efektivní antibiotické léčby pacientů s infekčními onemocněními. Toho lze dosáhnout zejména podporou správné praxe v používání antibiotik omezující jejich nadužívání, účinnou prevencí a kontrolou infekcí zabraňující šíření rezistentních mikrobů ve zdravotnických zařízeních i v běžné populaci, vzděláváním a zvyšováním povědomí odborné i laické veřejnosti o této problematice.
Základním principem NAP je tzv. mezisektorový koordinační mechanismus, jehož smyslem je zejména zajištění efektivní koordinace činnosti mezi humánním a veterinárním zdravotnictvím a všemi zainteresovanými subjekty, které mohou mít vliv na určování priorit a uskutečňování cílů NAP. Tyto subjekty mohou mít různé role (řídící, koordinační a výkonné, konzultační nebo poradní, mediální, apod.).
Těmito subjekty jsou zejména:
a) Státní správa: Ministerstvo zdravotnictví; Ministerstvo zemědělství; regionální orgány státní správy a jejich zástupci (vedoucí odborů zdravotnictví); Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy; Ministerstvo životního prostředí.
b) Státní zdravotnické instituce: Státní zdravotní ústav; Státní ústav pro kontrolu léčiv; regionální orgány ochrany a podpory veřejného zdraví; zainteresované referenční laboratoře.
c) Státní veterinární instituce: Ústav pro státní kontrolu veterinárních biopreparátů a léčiv; Státní veterinární správa a její regionální orgány; zainteresované referenční laboratoře.
d) Profesní organizace: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně („ČLS JEP“) a její Subkomise pro antibiotickou politiku ČLS JEP (SKAP), odborné společnosti, odborné pracovní skupiny, profesní sdružení; Česká lékařská komora; Česká lékárnická komora; Česká stomatologická komora; Česká asociace sester; Komora veterinárních lékařů apod.
e) Plátci zdravotní péče: zdravotní pojišťovny a jejich společné orgány (např. Svaz zdravotních pojišťoven ČR, Léková komise zdravotních pojišťoven, Národní referenční centrum apod.), eventuelně další subjekty, které se podílejí na financování zdravotní péče.
f) Zdravotnická zařízení: péče lůžková včetně následné, ambulantní a primární; Asociace nemocnic apod.
g) Vzdělávací instituce: lékařské fakulty a zainteresované vysoké školy; Veterinární a farmaceutická univerzita v Brně; Institut pro postgraduální vzdělávání ve zdravotnictví; Národní centrum ošetřovatelství a nelékařských zdravotnických oborů apod.
h) Vědecké instituce: Akademie věd ČR a její vybraná pracoviště; grantové agentury; zainteresovaná pracoviště univerzit a jiných vysokých škol.
i) Ostatní subjekty: pacientské organizace; sdělovací prostředky; mediální agentury; zainteresované neziskové organizace apod.
Veškeré aktivity NAP musí být nezávislé na farmaceutickém průmyslu a musí odpovídat etickým principům s vyloučením střetu zájmů.