Principy a priority NAP jsou definovány v jeho dlouhodobé strategii, kterou formuluje Centrální koordinační skupina NAP a schvaluje ji Ministerstvo zdravotnictví („MZd“) ve spolupráci s Ministerstvem zemědělství („MZe“).
Činnost NAP je na všech úrovních uskutečňována na základě akčních plánů, které definují jeho priority pro období 2-4 let, včetně zabezpečení jejich realizace z legislativního, finančního, personálního a technického hlediska. Tyto akční plány formuluje Centrální koordinační skupina NAP („CKS NAP“), která navrhuje nezbytné zdroje a podmínky jejich realizace. Na základě návrhu CKS NAP schvaluje akční plán MZd ve spolupráci s MZe.
Implementace akčního plánu je uskutečňována ve spolupráci Centrální koordinační skupina NAP (CKS NAP) s Regionální koordinační skupiny NAP (RKS NAP) a antibiotickými středisky.
Hlavní činnosti a funkce NAP jsou následující:
a) Formulace a průběžná aktualizace zásad národní antibiotické politiky pro: (i) zajišťování správné praxe při léčebném i profylaktickém používání antimikrobních léčiv, (ii) vypracování a aktualizaci závazného seznamu esenciálních antimikrobních léčiv (pro MZd) a (iii) přípravu odborných podkladů pro preskripční omezení v rámci kategorizace antibiotik.
b) Sledování a analýza antibiotické rezistence na lokální, regionální a národní úrovni s cílem systematického získávání podkladů pro její účinnou prevenci a kontrolu včetně hodnocení účinnosti zavedených opatření (metodika surveillance antibiotické rezistence je definována zvláštním metodickým pokynem „Surveillance antibiotické rezistence bakterií“ vytvořeným ve spolupráci Národní referenční laboratoře pro antibiotika a Subkomise pro antibiotickou politiku ČLS JEP (SKAP).
c) Sledování a analýza strukturované spotřeby a používání antibiotik na lokální, regionální a národní úrovni s cílem systematického získávání podkladů pro eliminaci jejich nadužívání a nesprávného používání a pro ověřování účinnosti zavedených opatření (metodika surveillance spotřeby antibiotik je definována zvláštním metodickým pokynem „Surveillance spotřeby antibiotik“ vytvořeným ve spolupráci koordinačního pracoviště pro Evropskou surveillance spotřeby antibiotik („ESAC“) a Subkomise pro antibiotickou politiku ČLS JEP (SKAP)).
d) Realizace účinných systémových opatření zaměřených na trvalé zlepšování kvality používání antibiotik v humánní i veterinární oblasti.
e) Realizace účinných systémových opatření zaměřených na prevenci a kontrolu infekcí v běžné populaci a v nemocnicích, cílenou zejména na omezování přenosu a šíření multirezistentních mikrobů.
f) Vzdělávání a informování laické veřejnosti zaměřené na zvýšení její spoluzodpovědnosti za správné používání antibiotik a prevenci antibiotické rezistence.
g) Vzdělávání odborné veřejnosti ve správném používání antibiotik a principech prevence a kontroly antibiotické rezistence, garantované relevantními odbornými autoritami a nezávislé na průmyslu.
h) Podpora vědy a výzkumu v oblasti antibiotické rezistence v podobě základního a aplikovaného výzkumu i projektů zaměřených na oblast ochrany veřejného zdraví a kvality zdravotní péče.
i) Koordinace mezinárodní spolupráce ČR v oblasti uvážlivého používání antibiotik, prevence a kontroly antibiotické rezistence. Jedná se zejména o součinnost s Evropským centrem pro prevenci a kontrolu nemocí („ECDC“), Světovou zdravotnickou organizací („WHO“) a spolupráci ČR na relevantních mezinárodních projektech jako např. Evropský systém surveillance antibiotické rezistence („EARS-Net“) a ESAC. Do agendy mezinárodní spolupráce spadá i organizace Evropského antibiotického dne („EAAD“).