„Co se týká prvního záchytu varianty omikron na českém území, žádné potvrzující vyšetření celogenomové sekvenace z liberecké laboratoře již Státní zdravotní ústav neprovádí. Takzvaná bioinformatická kontrola kvality sekvence se provádí po jejím získání pouze v případech, kdy vykazuje jakékoli problémové úseky. Pak je třeba provést resekvenaci. To u liberecké sekvence nenastalo. Rolí Státního zdravotního ústavu je komunikace se sekvenačními centry a koordinace monitoringu celogenomové sekvenace. Tuto roli plní Národní referenční laboratoř, stejně tak jako roli metodickou, kdy pravidelně informuje laboratoře po celé republice jakou metodiku použít pro co nejefektivnější sledování vývoje variant viru SARS-CoV-2. To se netýká jen varianty omikron, ale všech v současné době sledovaných variant dle seznamu Světové zdravotnické organizace (WHO),“ vysvětluje ředitelka Státního zdravotního ústavu MUDr. Barbora Macková.
V období od 12. 11. do 26. 11. 2021 má NRL k dispozici data z 61 773 provedených testů diskriminační PCR, ve kterých varianta delta a její subvraianty připadají na 98% výsledků.
Za rok 2021 bylo k 26. 11. 2021 v ČR celogenomově sekvenováno 15 009 SARS-CoV-2 pozitivních vzorků. Celkem 759 sekvenací je s datem odběru mezi 26. říjnem a 26. listopadem.
Podíl původní varianty delta za toto období klesl pod 5 procent (4,87 %). Zaznamenáváme nárůst nových subvariant delty. Největší podíl má subvarianta AY.43, která dosahuje téměř 30 procent (28,99 %).
Nově celosvětově sledovanou variantu omikron lze dobře detekovat stávajícími testy metodou diskriminační PCR i následně ověřit celogenomovou sekvenací. NRL pravidelně aktualizuje odborné postupy pro všechny spolupracující laboratoře v ČR.
Podrobná zpráva NRL je přílohou této tiskové zprávy.
SARS_CoV_2_podrobna_zprava_2021_11_26_RL_obi_epi_HJ_omikron_BM_draft_OB_hj1_AF_final_1_