Projekt HERA 2

Cíle projektu Work Packages Ke stažení Výstupy projektu

Projektové číslo: 101113387

Název projektu: Genomická surveillance vybraných infekčních nemocí v České republice

Zkratka projektu: HERA2CZ

Výzva: EU4H-2022-DGA-MS-IBA-1

Název výzvy: Přímé granty pro orgány členských států: Rozšíření celogenomového sekvenování (WGS) a/nebo reverzní polymerázové řetězové reakce (RT-PCR) národních infrastruktur a kapacit pro reakci na pandemii COVID-19 a budoucí zdravotní hrozby

Téma: EU4H-2022-DGA-MS-IBA-01-02

Název tématu: Konsolidace aktivit WGS a RT-PCR v zemích, které v roce 2021 obdržely podporu s cílem zajistit udržitelné využití a integraci vylepšené infrastruktury do rutinního dohledu a vyšetřování výskytů, v synergii s relevantními činnostmi na mezinárodní úrovni.

Typ akce: EU4H-PJG

Začátek projektu: 1/10/2022

Konec projektu: 30/6/2025

Trvání: 33 měsíců

Financování: Evropská výkonná agentura pro zdraví a digitální oblast (HADEA)

Grant: 1 393 630 EUR

Příjemce: Státní zdravotní ústav

Partneři/spoluřešitelé: žádní

Cíle projektu

Projekt HERA2CZ si klade za cíl zlepšit kapacitu Národních referenčních laboratoří (NRL) ve Státním zdravotním ústavu v Praze (SZÚ) pro genotypovou charakterizaci řady lidských patogenů (zejména SARS-CoV-2 a dalších respiračních virů, bakteriálních patogenů s přeshraničním přesahem, včetně antibioticky rezistentních bakterií) s významem pro ochranu veřejného zdraví. Celogenomové sekvenování (WGS) je v současné době nejmodernější metodou pro detailní charakterizaci mikroorganismů, neboť poskytuje kompletní popis genetické informace daného mikroorganismu a jeho objektivní výstupy umožňují okamžité srovnání mezi laboratořemi na národních i mezinárodních úrovních.

Cílem projektu je zlepšit dostupnost genomické surveillance infekčních nemocí za účelem identifikace a charakterizace specifických determinant pro popis a identifikaci klonálních linií s významným potenciálem pro jejich šíření. Projekt reaguje na potřebu zajistit genomickou surveillance v rámci evropských struktur (konkrétně v rámci ECDC). Bez implementace rutinní genomické surveillance není možné monitorovat a řešit národní a přeshraniční hrozby infekčních chorob, ani bakteriální rezistenci vůči antibiotikům.

Tento projekt přímo navazuje na předchozí projekt podpořený ECDC grantem (ECDC/HERA/2021/004.ECD.12218). Více informací o projektu HERA.

Projekt se skládá ze 5 pracovních balíčků (WP – Work Package):

WP1 – MNGECS
WP2 – CORINFES
WP3 – BACFOOD
WP4 – VACPREV
WP5 – ATBRES

Vedoucí: MUDr. Jana Kozáková
Cílem pracovního balíčku „Projektový management, hodnocení, komunikace a udržitelnost“ –MNGECS (WP1) je efektivní řízení, koordinace, komunikace, hodnocení a udržitelnost projektu. Náplní tohoto WP je dosažení celkových cílů projektu v rámci daného rozpočtu a časového plánu, s důrazem na koordinaci pracovních aktivit mezi jednotlivými vedoucími pracovních balíčků a řádného reportingu projektu. Komunikace projektu a jeho výstupů zahrnuje vypracování Komunikační strategie, která definuje způsoby oslovení cílových skupin a napomůže ke zvýšení povědomí o klíčových výsledcích projektu. Hodnotící procesy zahrnují posouzení úrovně dosažení stanovených cílů projektu při udržení vysokých standardů kvality produkovaných dat. WP1 rovněž klade důraz na udržitelnost výsledků projektu vypracováním plánu pro využití znalostí a infrastruktury pro zlepšení spolupráce v mezinárodní surveillance patogenů.

Vedoucí: RNDr. Helena Jiřincová
Cílem pracovního balíčku „COVID, RSV, chřipka, surveillance“ – CORINFES (WP2) je posílit kapacity České republiky v prevenci a kontrole přenosných onemocnění a usnadnit mezinárodní sdílení dat a protokolů. V souladu s prioritami Evropského střediska pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC) se WP2 zaměřuje na integraci surveillance SARS-CoV-2 do národního systému sledování akutních respiračních infekcí (ARI) a chřipky (ILI) a propojení s daty celogenomové sekvenace (WGS) pro respirační a nové viry. Technologie Mass Array je, jak bylo ověřeno v předchozím projektu (HERA), vhodným nástrojem k detekci jednonukleotidových polymorfismů (SNP), které jsou spojeny s rezistencí viru chřipky. Cílem projektu je aplikovat tuto technologii pro detekci jednonukleotidových polymorfismů (SNP), které jsou u virů chřipky, které v poslední době kolují v lidské populaci (A/H1N1, A/H3N2 a B/Yamagata/Victoria), zodpovědné za rezistenci k antivirotikům.
Publikace vztahující se k WP2
Jiné zdroje
- O projektu HERA, který předcházel projektu HERA2CZ

Vedoucí: prof. MUDr. Martina Bielaszewska, CSc.
Cílem pracovního balíčku „Genomická surveillance a vyšetřování ohnisek výskytu bakteriálních potravinově přenosných onemocnění“ – BACFOOD (WP3) je provádět celogenomové sekvenování významných bakteriálních potravinově přenosných patogenů. Tato aktivita má za cíl usnadnit kontinuální surveillance potravinově a vodou přenosných nemocí (FWD) a co nejrychleji zamezit šíření onemocnění z ohniska nákazy v České republice. Cílem je zvýšení ochrany populace proti národním či přeshraničním hrozbám, které představují FWD patogeny. Cílem WP3 je posílení kapacity celogenomového sekvenování pro typizaci klíčových bakteriálních potravinově přenosných patogenů, jako jsou Salmonella sp. a Shiga toxin-produkující E. coli (STEC). Včasná detekce FWD a identifikace ohniska nákazy je účinnou strategií proti šíření onemocnění. Identifikace genetických determinant spojených s antibiotickou rezistencí je nedílnou součástí vyšetření daného ohniska nákazy.
Publikace vztahující se k WP3
Jiné zdroje
- KMINE 2023 – IX. Kongres klinické mikrobiologie, infekčních nemocí a epidemiologie, 5. 10. 2023 – 7. 10. 2023 Olomouc, Česká republika
  - Výskyt hybridů patogenních E. coli O111, poster
- Hygienická stanice hl. m. Prahy, 20. 11.2023, Praha, Česká republika
  - NRL pro salmonely – typizace

Vedoucí: MUDr. Jana Kozáková
Cílem pracovního balíčku „Onemocnění, kterým lze předejít očkováním (invazivní meningokoková onemocnění, invazivní pneumokoková onemocnění, invazivní onemocnění způsobená bakteriemi rodu Haemophilus a invazivní onemocnění způsobená B. pertussis)“ – VACPREV (WP4) je implementace celogenomového sekvenování (WGS) jako rutinní praxe v Národních referenčních laboratořích (NRLs), které jsou zodpovědné za surveillance onemocnění způsobené meningokoky, pneumokoky, bakteriemi rodu Haemophilus a B. pertussis. Data získaná WGS metodou v rámci projektu budou předávána do mezinárodních databází, kde budou použita pro monitoring výskytu nákaz a kontrolní surveillance invazivních onemocnění způsobených výše uvedenými patogeny. Implementace zahrnuje vytvoření protokolů pro WGS daných patogenů, extrakci DNA daných patogenů a přípravu knihoven pro WGS. Nákup sekvenátoru v rámci projektu zvýší schopnost provádět WGS pro uvedená agens, což přispěje ke zlepšení surveillance a kontroly těchto onemocnění.
Publikace vztahující se k WP4
Jiné zdroje

Vedoucí: prof. MUDr. Helena Žemličková, Ph.D.
Cílem pracovního balíčku „Surveillance genů antibiotické rezistence “ – ATBRES (WP5) je implementovat celogenomové sekvenování (WGS) do evropského systému národní a mezinárodní surveillance a systému epidemiologických šetření v ohnisku nákazy a také zlepšení diagnostické schopnosti detekce rezistence enterobakterií vůči karbapenemům a/nebo vůči kolistinu (CRE/CCRE). Hlavními cíli jsou implementace standardizovaných metod analýzy genomu založených na WGS, provádění kontroly kvality WGS, identifikace genetických determinant spojených s rezistencí na antibiotika a identifikace ohnisek nákaz. Konečným cílem je vytvořit robustní metodologii pro WGS a účinné nástroje pro zdokonalení systému surveillance bakterií rezistentních k antibiotikům.
Publikace vztahující se k WP5
Jiné zdroje

Tiskové zprávy, letáky, odkazy

Soubory ke stažení

Projekt genomické surveillance vybraných infekčních nemocí v České republice „HERA2CZ“ Leták o projektu Webové odkazy

Koordinátorka projektu:

MUDr. Jana Kozáková

00420 267 082 101
jana.kozakova@szu.cz

Poděkování:

Projekt „Genomická surveillance vybraných infekčních nemocí v České republice“ (HERA2CZ) je spolufinancován Evropskou unií. Názory vyjádřené však patří pouze autorům a nemusí odrážet názory Evropské výkonné agentury pro zdraví a digitální oblast (HADEA). Evropská unie ani Evropská výkonná agentura pro zdraví a digitální oblast (HADEA) za ně nemohou nést odpovědnost.